A hatvanas évek centrumában az egyliteres kategória nemzetközileg legújabb képviselői közé kötődött a farmotoros és hátsókerékhajtású, mesés Škoda 1000 MB. A Csehszlovákiában “Embéčko” néven is emlegetett modell négyajtós, lépcsőshátú karosszériával készült, de kupé-, roadster- és kombiváltozat is szerepelt a tervekben. A valaha készült egyetlen Škoda 990 “Hajaja” (1963) kombi Mladá Boleslavban, a Škoda Múzeum gyűjteményében nézhető meg.
A “vegyített gépjárművek”, röviden kombik, már tradicionálisan a Škoda modellpalettájának állandó elemei. Előfutáruknak tulajdonképpen az L&K 110 típus tekinthető, amely a húszas évek centrumában már cserélhető vagy vegyíthető hátsó modullal is szerepelt a kínálatban – ezáltal munkanapokon a vállalkozás szállítójárműveként, miközben vasárnap a családi kirándulások egész értékű személyautójaként szolgálhatott. 1934-től a POPULAR széria 300 kilogramm hasznos teherbírású, könnyed haszongépjármű-változatai váltak annyira népszerűvé, hogy olyan ismert vállalkozások is flottajárműként használták őket, akárcsak a Baťa vagy a Julius Meinl. A negyvenes évek végén a Škoda 1101/1102 “Tudor” műszaki alapjain az áruszállító karosszériák mellett a Station Wagon (STW) kombi is megjelent, amely jóval nagyobb üvegfelületein és gazdagabb felszereltségén túl mindenekelőtt variálható belterével tűnt ki: hátsó ülését lehajtva akár 1490 milliméter hosszú és 980 – 1390 milliméter széles csomagtérfelületet kínált. Sorozatgyártású változatát, amely Vrchlabí és Kvasiny gyáraiban gördült le a szerelőszalagról, több prototípus előzte meg. 1953 tavaszától készült Vrchlabíban a tágas Škoda 1200 STW kombi, amit korszerűbb változatában 1201 STW jelzéssel egészen 1961 októberéig gyártottak. Utódja, a Škoda 1202 STW, az jövőbeni tizenkét év alatt a Škoda modellkínálatához kötődött.
A Škoda leginkább közkedvelt kombijának ellenben kétségkívül az OCTAVIA COMBI bizonyult, melynek első prototípusa 1959 szeptemberében született meg, egy évvel később mindazonáltal már brnói premierjén vonzotta a tekinteteket. 1961 és 1971 közt 54 086 példányban hagyta el Kvasinyi gyárát, s külföldön is keresetté vált, példának okáért az 1966-os év esetén konstruált egész volumen figyelemreméltó 72 százaléka került exportra. 1997-től az OCTAVIA COMBI már a széria első korszerű generációjának tagjaként folytatta e sikereket.
1959 tavaszától a Škoda 1000 MB formájában az akkor már közel 65 esztendős cég történetének egyik legjelentősebb fejlesztését készítették elő Mladá Boleslavban. Az alvázas konstrukciót továbbfejlesztett önhordó karosszéria volt hivatott felváltani, mindemellett szakítva az orrmotor-hátsókerékhajtás szokásoknak megfelelő koncepciójával – s a hatvanas évek elején az egész világon konkrétan új megoldásként – a egész hajtásrendszert a gépjármű hátuljába helyezték keresztül. Mindeközben új és új, internacionális szinten is az élvonalhoz tartozó gyárlétesítmények épültek Mladá Boleslavban, ahol 1964 áprilisában legördült a szerelőszalagról az 1000 MB első lépcsőshátú fajtája. Kvasiny és Vrchlabí üzemeinek segédkezésével az 1963 és 1973 közti mindössze tíz év alatt csaknem négyszeresére – 42 550-ről 162 208 járműre – sikerült bővíteni a Škoda márka éves termelési volumenét.
A Škoda 1000 MB sorozatgyártású változatáig a 990 NOV projekten (Nový Osobní Vůz – új személygépkocsi) át vezetett az út, amelyiknek fejlesztése 1959-ben kezdődött Mladá Boleslavban, s 1961 októberéig egy ötven prototípusból álló széria kiadásra került. A zárt, négyajtós lépcsőshátú karosszéria eltérő változatai mellett a későbbi Škoda 1000/1100 MBX sorozatgyártású modellhez hasonló, felső B-oszlop nélküli alternatív négyajtós változatokon is dolgoztak. Prototípusként egy nyitott, 2+2-üléses, farmotoros Škoda 990/991 roadster is született. 1963 februárjában fejeződött be az ötvendarabos NOV-sorozat 34-es sorszámú prototípusának megváltoztatása, amely esetén egy több mint 31 ezer kilométert futott lépcsőshátú modellt kombivá építettek keresztül. A konstruktőrök itt mindenekelőtt azon műszaki problémával szembesültek, hogy a farmotor ez esetben a csomagtérpadlózat alá esett, a soros négyhengeres aggregát ezáltal fekvő helyzetben, hengerfejével balra kapott helyet. E beépítési pozíció ihlette a “Hajaja” becenevet, vagyis a rádiós estimesék sorozatának címét. A motor jobb oldalán vízhűtőt helyeztek el, mivel határon túli vetélytársai hasonló konstrukciójú modelljeitől eltérően a Škoda nem léghűtést alkalmazott.
A csomagtartó felfelé nyíló, felső helyzetében fémrúddal rögzíthető csomagtérajtón át tárult fel, s a 4150 milliméter hosszú, 1620 milliméter széles és 1400 milliméter magas kombiban akár 1600 milliméter hosszú tárgyakat is szállíthattak. A 2400 milliméteres tengelytáv megegyezett a lépcsőshátú alapmodellével. A motor a hajtott hátsó tengely mögötti elhelyezése a jármű elejében egy második csomagtartó kialakítását is lehetővé tette, amely egyben a biztonsági gyűrődőzóna feladatát is ellátta. Az összesen 380 kilogramm terhelhetőségből a négy személy egyenként 75 kilogramm tömegét levonva 80 kilogramm maradt a csomagok részére. A 811,5 kilogrammos saját tömeg 61 százaléka jutott a hátsó tengelyre, miközben egész terhelés mellett ez az arány 59,5 százalékra esett vissza.
Az 1963 májusa és júniusa közti háromhetes tesztprogram alatt a prototípus csaknem hétezer kilométert tett meg, s 74 kilométer/óra átlagsebesség mellett 100 kilométerenként 7,6 literes üzemanyag-fogyasztást mértek. A 988 köbcentiméteres, 4650-es percenkénti fordulatszámnál 42 lóerőt (31 kW) produkáló, négyhengeres erőforrással 115 kilométer/óráig gyorsulhatott a “Hajaja”. A jármű előnyei közt szerepelt tágas beltere és két csomagtartójának bőséges térfogata, amíg hátrányaként hátsó csomagtérpadlózata alatti, bonyolult motorbeépítése jelentkezett, ami lényegesen megnehezítette a karbantartást, de a szűk hely okán a négyhengeres motor hűtésével is adódtak problémák. Így is született végül az a döntés, hogy a kombit nem veszik fel a modellprogramba, s a Škoda inkább a alaposan sikeres lépcsőshátú 1000/1100 MB sorozatgyártásának beindítására összpontosított. 1964 és 1969 közt 440 639 darabot szállítottak ki belőle az ügyfeleknek, s egyetlen újabb változataként mindössze a felső B-oszlop nélküli, tetszetős megjelenésű, kétajtós 1000/1100 MBX (1966 – 1969: 2517 kiszállított példány) készült. A praktikus kombimodell iránti vásárlói igények kielégítésére egészen 1971-ig az OCTAVIA COMBI szerepelt a gyártási programban.
A valaha készült egyetlen Škoda 990 “Hajaja” prototípus ma a Mladá Boleslav-i Škoda Múzeum kiállítási gyűjteményét gyarapítja.